Ban Chỉ huy quân sự Cảng vụ đường thủy nội địa chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Đảng ủy Cảng vụ; sự quản lý, điều hành trực tiếp của Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa về công tác quốc phòng, quân sự, giáo dục quốc phòng – an ninh; tổ chức xây dựng, huấn luyện, hoạt động của lực lượng tự vệ và chịu sự quản lý, chỉ đạo, chỉ huy của Bộ Tư lệnh thành phố; chịu sự chỉ huy trực tiếp của Ban Chỉ huy quân sự Quận 8 về xây dựng, huấn luyện, hoạt động của tự vệ Cảng vụ và công tác trị an trên địa bàn Quận 8. Ban Chỉ huy quân sự Cảng vụ đường thủy nội địa thực hiện chức năng tham mưu cho Đảng ủy, Giám đốc Cảng vụ về công tác tổ chức lãnh đạo, chỉ đạo công tác quốc phòng, quân sự của Cảng vụ đường thủy nội địa.
Với chức năng, nhiệm vụ trên, vào lúc 08 giờ 00 ngày 07/11/2023 tại Khu dân cư Rạch Lào P15 Q8, Ban Chỉ huy quân sự Cảng vụ đường thủy nội địa đã phối hợp cùng Ban Chỉ huy quân sự Quận 8 tổ chức huấn luyện cho Trung đội tự vệ đơn vị theo kế hoạch hoạt động quân sự của Ban Chỉ huy quân sự Cảng vụ đường thủy nội địa năm 2023 nhằm duy trì chế độ sẵn sàng chiến đấu; phối hợp với các lực lượng trên địa bàn tham gia bảo vệ, giữ gìn an ninh chính trị, trật tự, an toàn xã hội.
Công tác phối hợp huấn luyện Trung đội tự vệ đơn vị được huy trì hàng năm. Đợt huấn luyện năm nay nhằm giúp cho các chiến sĩ tự vệ nắm vững hơn những nội dung cơ bản của một số động tác như: điều lệnh đội ngũ, đội hình tiểu đội, đội hình trung đội.