Các bộ phận trực thuộc

Cơ cấu tổ chức:
Cảng vụ đường thủy nội địa gồm các phòng, ban chuyên môn và các Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa trực thuộc (sau đây gọi tắt là đơn vị cấu thành); 
a) Phòng Tổ chức Hành chính.
b) Phòng Tài chính Kế toán.
c) Phòng Quản lý Cảng, bến.
d) Phòng Pháp chế.
đ) Ban Quản lý dự án đầu tư.
e) Các Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa phân khai theo khu vực cảng, bến hoặc cụm cảng, bến trên địa bàn thành phố gồm: Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa số 1, Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa số 2, Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa số 3, Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa số 4, Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa số 5, Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa số 6, Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa số 7.
Đại diện Cảng vụ đường thủy nội địa được sử dụng con dấu riêng theo quy định, thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng, bến hoặc cụm cảng, bến được giao. Tùy theo yêu cầu và địa bàn quản lý thực tế, Đại diện Cảng vụ đường thuỷ nội địa có thể tổ chức các Tổ Cảng vụ đường thuỷ nội địa và do Giám đốc Cảng vụ đường thuỷ nội địa quyết định.